Dinas Perhubungan Kabupaten Bantul pertama kali dibentuk pada tahun 1993 dengan nama Dinas Lalu Lintas dan Angkutan Jalan dengan dasar hukum Peraturan Daerah Kabupaten Daerah Tingkat II Bantul Nomor 12 Tahun 1993 tentang Pembentukan Dinas Lalu Lintas dan Angkutan Jalan Kabupaten Daerah Tingkat II Bantul. Saat itu Dinas LLAJ Kabupaten Dati II Bantul berkantor di Jl. Wahidin Sudiro Husudo No.70, Bejen, Bantul, Bantul (yang sekarang menjadi kantor UPTD Metrologi Dinas UKMPP). Dinas LLAJ Kabupaten Dati II Bantul membawahi sekitar 18 urusan yang berkaitan dengan perhubungan. 

Kemudian pada tahun 2000, Dinas LLAJ Kabupaten Dati II Bantul berubah nama menjadi Dinas Perhubungan Kabupaten Bantul dengan dasar hukum Peraturan Daerah Kabupaten Bantul Nomor 48 Tahun 2000 tentang Pembentukan dan Organisasi Dinas Perhubungan Kabupaten Bantul. Pada tahun 2010, Dinas Perhubungan Kabupaten Bantul mulai menempati kantor yang baru di Komplek II Perkantoran Pemda Bantul Jl. Lingkar Timur, Manding, Trirenggo, Bantul, hingga saat ini.

Pada tahun 2017, sehubungan dengan Peraturan Bupati Tahun 2016 Nomor 119 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Perhubungan Kabupaten Bantul, Seksi Telekomunikasi dan Informatika yang awalnya berkedudukan di Dinas Perhubungan Kabupaten Bantul, kini berada di kedudukan Dinas Komunikasi dan Informatika Kabupaten Bantul.